循環(huán)冷卻水系統(tǒng)中出現(xiàn)的原生動(dòng)物有纖毛蟲(chóng)、鞭毛蟲(chóng)、肉足蟲(chóng)及輪蟲(chóng)四類(lèi)。小型動(dòng)物有小型甲殼類(lèi)。原生動(dòng)物也有著生和自由生活類(lèi)之分，可以生活在水中，也可以生活在污垢中，冷卻塔壁的污垢中最常見(jiàn)，水池的污垢中也常見(jiàn)，偶爾在水冷卻器的污垢中也能見(jiàn)到。因?yàn)樵鷦?dòng)物和小型動(dòng)物的食物是菌藻，所以多出現(xiàn)在菌藻繁殖快、數(shù)量多的季節(jié)。如某廠在好氣異養(yǎng)菌、藻類(lèi)和真菌較多的季節(jié)就出現(xiàn)原生動(dòng)物和小型動(dòng)物，當(dāng)菌藻不太多時(shí)就不出現(xiàn)。目前生產(chǎn)廠對(duì)循環(huán)冷卻水系統(tǒng)中的原生動(dòng)物和小型動(dòng)物多未監(jiān)測(cè)。它們有消滅菌藻的作用，如輪蟲(chóng)是雜食微型動(dòng)物，被稱(chēng)為清道夫，可以食用一切雜蟲(chóng)、有機(jī)碎渣、菌藻和動(dòng)膠菌屬。所以，很難說(shuō)原生動(dòng)物和小型動(dòng)物是否會(huì)對(duì)循環(huán)冷卻水系統(tǒng)造成明顯危害。但它們對(duì)污水處理系統(tǒng)確有影響。在某些曝氣池的污泥中有大量原生動(dòng)物，數(shù)量由每毫升數(shù)千到數(shù)萬(wàn)個(gè)。

昆蟲(chóng)雖不屬于微生物的范疇，但在循環(huán)冷卻水系統(tǒng)中造成的生物危害也與微生物相似，有時(shí)危害也很?chē)?yán)重。有些環(huán)境中昆蟲(chóng)較多，特別在南方地區(qū)夏季昆蟲(chóng)大量繁殖，往往隨空氣帶入冷卻塔進(jìn)入循環(huán)系統(tǒng)。較常見(jiàn)的甲殼蟲(chóng)類(lèi)危害較大。某種甲殼蟲(chóng)的直徑約10～20mm，大小與水冷卻管的內(nèi)徑相近，長(zhǎng)度約20～30mm，能夠堵塞管程換熱器的管口，阻止水流通，也能沉積在殼程換熱器的管間，因而影響傳熱，使換熱器超溫，同時(shí)造成垢下腐蝕。昆蟲(chóng)的生物性質(zhì)帶來(lái)的特殊危害是：在水中緩慢解肢腐爛，腐殖質(zhì)使水中產(chǎn)生咖啡色的泡沫，水中的有機(jī)物質(zhì)（COD）含量增高。有時(shí)候甚至在甲殼蟲(chóng)進(jìn)入系統(tǒng)之后兩個(gè)月才發(fā)生大量泡沫，泡沫甚至影響到系統(tǒng)中液位計(jì)的準(zhǔn)確性。

防止昆蟲(chóng)危害最有效的措施是嚴(yán)格燈火管制。即在塔區(qū)（冷卻塔附近）夜間不能開(kāi)燈，或在塔周?chē)O(shè)殺蟲(chóng)燈或探照燈將昆蟲(chóng)引離冷卻塔。就是說(shuō)，預(yù)防昆蟲(chóng)進(jìn)塔最重要。其次是，必須加強(qiáng)循環(huán)水泵前濾網(wǎng)的管理，濾網(wǎng)如有破損需及時(shí)檢修。還應(yīng)隨時(shí)清理附著在濾網(wǎng)上的昆蟲(chóng)尸體。甲殼蟲(chóng)雖不能穿過(guò)濾網(wǎng)，但長(zhǎng)期附著在濾網(wǎng)上會(huì)慢慢解肢腐爛，最后還會(huì)隨水流進(jìn)入循環(huán)系統(tǒng)，造成危害。

當(dāng)甲殼蟲(chóng)已經(jīng)進(jìn)入系統(tǒng)時(shí)，要在不停車(chē)的情況下將其清除出系統(tǒng)是十分困難的工作。采取的措施可用換熱器反向沖洗或殼程換熱器空氣攪動(dòng)，然后就地排污。但徹底清除還需停車(chē)處理。使用殺生劑不能清除甲殼蟲(chóng)。